Auch im dritten Film der Bourne-Reihe ist Jason Bourne (Matt Damon) seine Vergangenheit noch weitgehend unbekannt. Auf der Flucht vor seinen Jägern, deren Auftraggeber er nicht kennt, ist Jason Bourne in Europa untergetaucht. Als er in London einen Journalisten trifft, erzählt dieser ihm von einem illegalen CIA-Programm mit dem Codenamen Treadstone. Bourne erfährt, dass er mit Hilfe dieses Programms zum Elitekiller ausgebildet und Treadstone nahtlos in ein neues System überführt wurde.