Jacob Portman ist 15 Jahre alt und an seiner Schule ein isolierter Aussenseiter, als er mit ansehen muss, wie sein Grossvater Abraham, genannt Abe, stirbt. Er findet ihn eines Nachts tödlich verletzt in dem dunklen Wald hinter seinem Haus. Wo vorher die Augen seines Grossvaters waren, sind nur noch zwei dunkle Loecher; jemand hat ihn seiner Augaepfel beraubt. Abe erteilt seinem Enkel mit letzter Kraft den Auftrag, auf die Insel nach Wales zu reisen, auf die er waehrend des Zweiten Weltkrieges geflüchtet war, und dort eine gewisse Miss Peregrine zu suchen. Im Wald hat Jacob eine riesenhafte Gestalt gesehen. Das offizielle Ermittlungsergebnis ist aber, dass sein Grossvater von einem Hund verstümmelt worden ist. Seine Eltern schicken ihn zu der Psychiaterin Dr Golan. Jacob erinnert sich an die Geschichten, die sein Grossvater ihm über die Insel erzählt hat, auf der er mit vielen anderen Kindern gelebt haben will, die alle über aussergewoehnliche Faehigkeiten verfügten. Sein Vater haelt die Geschichten aber nur für fantastische Ausschmückungen der tatsaechlichen Kriegserlebnisse seines Vaters. Jacob überredet seine Eltern, mit seinem Vater die Insel besuchen zu dürfen, auf der sein Grossvater in einem Waisenhaus gelebt hatte, in dem er als polnischer Jude auf seiner Flucht vor den Nazis untergekommen war. Als Jacob dort eintrifft, ist aus dem von einer Fliegerbombe zerstoerten Gebaeude laengst eine verlassene Ruine geworden. Er trifft hier jedoch auf die junge Emma, die ihn mit in eine Zeitschleife nimmt, welche die beiden in das Jahr 1943 führt, als Miss Peregrines Waisenhaus noch ein Zufluchtsort für besondere Kinder war. Die dort lebenden Kinder verfügen wirklich über besondere Faehigkeiten, wie sein Grossvater berichtet hatte. So lernt Jacob den unsichtbaren Millard Nullings kennen und die kleine Bronwyn Buntley, die über übermenschliche Kraefte verfügt. Fiona Frauenfeld kann Pflanzen kontrollieren und Olive Abroholos Elephanta hat Feuer in ihren Fingerspitzen und muss daher lange, schwarze Handschuhe tragen, um nicht alles zu entzünden, was sie berührt. Die maskierten Zwillinge sprechen nie, haben jedoch telepathische Faehigkeiten und koennen Personen versteinern. Hugh Apiston beherbergt einen Bienenstock in seinem Bauch, Claire Densmore verbirgt an ihrem Hinterkopf zusaetzlich ein breites Maul mit spitzen Zaehnen, Horace Somusson kann in seinen Träumen in die Zukunft blicken und diese anderen in Projektionen zeigen, und Enoch O'Connor, der sein Zimmer unter dem Dach hat, kann nicht-lebende Objekte zum Leben erwecken. Besonders ist Jacob jedoch von Emmas Faehigkeiten beeindruckt, denn sie kann die Luft und das Wetter kontrollieren. Ausserdem ist sie leichter als Luft und muss daher schwarze bleischwere Stiefel tragen oder sich an eine Leine binden, wenn sie nicht wegfliegen will.